Приложение предназначено для удаления ранее установленных на ПК программ. Алгоритмы деинсталляции программного обеспечения включают обнаружение и удаление оставшихся после использования штатных средств файлов и записей в системном реестре. Из интерфейса продукта можно открыть записи реестра Windows, соответствующие выбранной программе, во встроенном редакторе regedit. Кроме того, пользователь может из программы начать поиск по названию программы и разработчику в сети интернет.
С помощью Geek Uninstaller возможна принудительная деинсталляция поврежденного ПО. Реализована поддержка работы в 32-битных и 64-битных версиях Windows. Программа не требует установки и может быть запущена со сменных носителей информации.